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InnoDBとは、トランザクション可能なテーブル型です。
MySQL4.0以降では、デフォルトでInnoDBが使用可能になっています。
InnoDBテーブルを作成するには、以下のようにします。

CREATE TABLE table_a (...) TYPE = InnoDB;

CREATE TABLE文のオプションに TYPE = InnoDB を指定するだけです。
省略すると、デフォルトのMyISAMテーブルが使われます。
MyISAMテーブルは非トランザクションテーブルですが、InnoDBと比べると非常に高速です。

これらは用途に応じて使い分けるのが良いでしょう。
マスタのような読み取り専用テーブルはMyISAMテーブルを使用し、
更新を読み取りが同時に起こる可能性のあるものに関してはInnoDBテーブルを使用します。